针对商业秘密泄密的各种途径和方式，企业应当从组织制度、商业秘密及其载体管理、涉密人员管理和辅助措施等四个方面采取系统的保护措施。
1.建立健全商业秘密保护的专门组织和相关制度
一个正规高效的商业秘密保护的专门部门，是商业秘密得到有效保护的前提。企业领导应该高度重视商业秘密对于企业经营的重要作用及失密的严重后果，首先从组织上确立保障，成立一个专门部门，或原有部门如经理办公室、知识产权部、法律事务部等下面的专门小组，专人负责商业秘密的认定、保护措施的开发与实施。
合理完善的保密制度可以使员工对企业的义务明晰化，使员工有相应行为准则，有利于实际遵照执行及在诉论中举证。保密规章制度的制订要合法合理、切实可行。规章制度如果过于琐碎，可能会造成工作障碍，影响经营活动。相反，过于简单，又形同虚设。企业制订保密规章制度一般应至少考虑以下几个方面：商业秘密的范围；商业秘密的管理者及责任；商业秘密档案管理；商业秘密的申报与审查；商业秘密的保密义务；相应处罚等等。
2.对商业秘密及其载体的管理
首先，确定商业秘密的范围。企业应该根据商业秘密的四个法律特征对本企业内部构成商业秘密的种类、分布罗列出来，这样才能提高警惕并确定应采取的各种措施。前面所将的商业秘密的四个法律特征，听起来很复杂，其实企业在具体界定时不需要做那么详细的论证，一般来说，只要是企业自主研发的技术、自主制定的经营策略，都可以作为商业秘密来保护。
其次，确定商业秘密的密级。法律法规对商业秘密密级的划分没有规定，法律对任何商业秘密的保护和救济的原则都是一致的。是否划分商业秘密的密级，完全取决于企业保密工作需要和权利人意愿。从企业保密防范的原则来讲，划分和确定商业秘密密级，有利于商业秘密的分级管理，有利于突出重点、确保企业核心秘密的安全。对我国企业而言，熟悉而简单的分类就是“绝密”、“机密”、“秘密”三个等级。
最后，加强涉密文件的管理。涉密文件是指以文字、图表、音像及其它记录形式记载商业秘密内容的资料，包括公文、书刊、函件、图纸、报表、磁盘、胶片、幻灯片、照片、录音带等等。对这些商业秘密的载体，必须进行严格的管理，限制其传阅和复制。
3.对涉密人员的管理
商业秘密的保护最重要的还要靠人，因此加强对涉密人员的管理至关重要。
（1）与员工签订保密协议。这不仅是保护商业秘密的最好方法之一，也往往是执法机关判断保密措施是否合理的一项重要因素，没有保密协议可能导致公司的商业秘密得不到法律的保护。可以在劳动合同加列保密条款，也可以单独签订保密协议，要求员工遵守保密义务。签订技术保密协议，应当遵循公平、合理的原则，其主要内容包括：保密的内容和范围、双方的权利和义务、保密期限、违约责任等。一般而言，员工对企业承担保密义务的内容包括：保守商业秘密的义务；正确使用商业秘密的义务；获得商业秘密职务成果及时汇报的义务；不得利用单位的商业秘密成立自己企业的义务；不得利用商业秘密为竞争企业工作的义务，等等。而且，保密协议、保密条款并不因劳动合同、劳动关系的终止而终止，在员工离职后一定期限内仍然有效。
（2）加强员工保密教育。除了签订保密协议外，企业应进一步加强对员工进行保密教育，使员工了解到企业文化、保密的范围、工作规则、违约的后果等，使员工认识到保密工作的重要性，防止在外来参观、咨询或洽谈业务中泄露。
（3）健全员工人事资料。企业应当建立健全员工人事资料，如员工的学历、专长及有无发明等资料，一方面企业可用来参考以决定分派员工担任适当的职位，另一方面，当未来和员工有商业秘密相关的争议时，也可供执法机关据以认定员工究竟有无创作能力及是否窃取公司机密等问题。另外，企业还具体告知并详细记载员工的职务范围，以避免将来在是否构成职务技术成果上造成不必要的争议。
（4）离职员工的管理。对接触过商业秘密、即将解职的员工进行离职检查，除要求其履行有关的交接手续，彻底点收员工所领借的各种物品，以便该员工所承办的各种业务能继续顺利开展外，要重申员工在离开本公司之后应继续保护商业秘密的义务，最好根据员工掌握商业秘密的具体情况，再签定一份详细、具体的保密协议，因为一般最初的保密协议，尤其是保密条款大都比较笼统。必要时，还要与此员工未来的雇主进行沟通，分别或一并向离职员工及其新雇主阐明有关保守商业秘密的法律责任。
（5）与高管人员签订竞业禁止协议。现阶段商业秘密纠纷主要表现为雇员带走雇主的商业秘密，与雇主从事竞争性生产经营的行为，为防止竞争者引诱员工跳槽，竞业禁止协议成为一个较好的选择。竞业禁止是指单位与知悉商业秘密的人员约定在解除劳动关系后一定时间内，该人员不得自己经营或在生产或经营与商业秘密信息相关竞争行业的其他单位任职，单位给予一定补偿的协议。其核心内容在于约定离职者不得利用在原单位掌握的商业秘密从事此行业的不正当竞争业务。很显然，竞业禁止协议与员工的择业自由相冲突。竞业禁止之所以被允许，是基于商业秘密保护的一个重要原则，即不可避免披露原则。这是美国判例法确定的一个原则，根据这一原则，如果员工被新雇主雇佣后，会不可避免地使用前雇主的商业秘密，发布竞业禁止令是合法与必要的。我国法律没有引用这一原则，但规定了竞业禁止协议，国家科委在《关于加强科技人员流动中技术秘密管理的若干意见》第7条允许企业与员工签定竞业禁止协议。但为了避免企业利用竞业禁止协议限制员工的择业自由，也对竞业禁止协议规定了许多限制。签订竞业禁止协议时尤其应注意以下四点：一是适用人员不宜过多。由于竞业禁止协议限制了离职员工的择业自由，一般只适用于企业高级管理人员和技术人员等关键涉密人员，而不适用于就业竞争力较弱的一般员工。二是禁止就业范围不宜过宽。必须有限制的必要，以与员工所接触之商业秘密密切相关的行业为限，过宽则有失合理性。三是规定合理的限制期限。竞业禁止协议的期限不得超过三年，四要支付一定补偿。竞业禁止期限内企业应给离职员工一定补偿，一般不低于该员工离职时年薪的50%。如果这四项内容规定有失公平，可能导致竟业禁止协议被认定为无效。
另外特别要强调的是，竞业禁止只是对涉密人员择业的一种限制，不能简单的等同于保密义务。竞业禁止期满或被认定无效，只意味受限制人员不再受择业方向限制，并不意味免除了保密义务。竞业机制协议解除后，员工仍需履行保密义务，不能泄露、使用原单位的商业秘密。
（6）供应商和客户等第三人管理。企业商业秘密经常涉及被许可人、供应商、客户、制造商、销售代理商，以及向公司提供产品或服务的建筑师、工程师、顾问、承包人、分保人等第三人。而这些人即是生意上的重要伙伴，也往往是商业秘密泄露的重要途径，所以，要求有必要得知商业秘密的第三人签订适当的保密协议是极为重要的。而且清楚地表明公司对于有关文件享有的所有权，以及有关文件及其包含信息的专有性和机密性。同时，在对外签订的经济合同中，写明保密条款，要求对方保证不泄漏履行合同时掌握的企业的商业秘密，否则将承担违约和赔偿责任。我国合同法也将保密义务规定为重要的一种合同附随义务，交易双方必须按约定和交易惯例保守对方的商业秘密，而且，这种保密义务是全面的，包括缔约前的保密义务，合同履行中的保密义务，合同履行后的保密义务。
4.其他辅助措施
（1）企业保安。要划定保密区域，在保密区域内加强保卫措施，确定诸如门卫、上锁、限定员工进入区域、密码钥匙或密码通行证，并经常变换密码等措施和管理办法，这将有助于防止商业秘密失窃。
（2）控制参观、实习。禁止参观或实习也许是不必要的，但予以一定的控制却肯定是保护商业秘密的重要措施。一切参观应避开敏感区域，勿做详细解释，勿对生产制造工艺进行演示。必要时要求来访者参观商业秘密设备时签订保密协议。
（3）重点部位的管理。产生、处理、存储、使用商业秘密的部位，是保密管理的重点。企业应根据商业秘密信息产生、使用和保管的实际，把那些最集中、最核心的部门或者部位确定下来，在企业内部通报，使管理者和被管理者做到心中有数。这些部门或部位大致为产品技术开发研究部门，商业秘密信息集中处理部位，计算机中心和数据库，商业秘密信息集中存放部位，企业策划部门，财务部门，商业秘密信息显现的生产部位等。商业秘密的重点部位应有必要的监控措施。如：重点部位“红线区”管制，电子监控报警，人员身份识别系统，人员进出特别许可批准制度，进出特许身分牌标识，对外接待禁止参观区域和禁止行为标识明示，进出携带物品的禁止目录或检查措施，涉密人员离开工作地点前清理工作台面和计算机制度等。
（4）防止发表公开或广告、展览公开。必须使员工牢记，出席专业领域的会议，发表学术著作、演讲，经常是处于本领域内具有深厚专业背景的同行中。这些同行经常能够捕捉到有关信息字里行间的言外之意。因此，某些员工认为微不足道、无足轻重的信息，很有可能正是竞争对手一直寻求的关键信息。所以，应对企业员工发表专业性文章、出版著作以及相关讲演等做相应教育，必要时，应进行适当监督及控制。同样，对于广告、展览等可能失密的活动也应进行相应的教育、检查与控制，以防止失密。
