企业的商业秘密被侵犯，应视不同情况，分别向不同部门起诉，寻求司法保护。
第一，向仲裁机构申请仲裁解决。
企业的商业秘密被侵犯，如果此前企业与侵权人之间签订了《合同》，并且双方自愿达成仲裁协议的，可依据《中华人民共和国仲裁法》向当地仲裁机构或者双方仲裁协议中约定的仲裁机构申请仲裁。
切记，没有仲裁协议的，不能申请仲裁。有仲裁协议的，不能向人民法院起诉。仲裁实行一裁终局制度。裁决作出后，不能就同一纠纷事件再申请仲裁或向人民法院起诉。
企业之间因劳动争议引起的纠纷或签订《劳动合同》的职工，期限未满，擅自跳槽，带走企业商业秘密，侵犯企业利益的，企业可依据《中华人民共和国企业劳动争议处理条例》向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以在十五日内向人民法院起诉。
河南新乡市第一工具厂与新招入厂的车工技师Ａ签订为期１０年的《全员劳动合同书》，厂方给予Ａ优厚的待遇，待妻子、儿女调入新乡市，为其支付城市增容费１２００ 元，分给一套二室一厅住房，多次给Ａ晋升工资。Ａ不负众望，改革一系列革新项目，作出了突出贡献。后来Ａ在外面高额报酬吸引下，合同未到期，擅自辞职，给工具厂带来很大的经济损失。工具厂向新乡市劳动仲裁委员会提出申诉，经新乡市劳动仲裁委员会裁决，Ａ赔偿经济损失及城市增容费３万余元。
第二，向工商行政管理部门投诉。
《中华人民共和国反不正当竞争法》第三条规定：“县级以上人民政府工商行政管理部门对不正当竞争行为进行监督检查。”第二十条规定：“违反本法第十条规定侵犯商业秘密的，监督、检查部门应当责令停止违法行为，可以根据情节处以一万元以上二十万元以下的罚款。”
企业的商业秘密被侵犯人的不正当行当行为侵犯，可以按上述规定，向县级以上工商行政管理部门投诉，并提供商业秘密及侵权行为的有关证据。
湖北省鄂州塑料电线厂职工张××，擅自离职，将该将研项目铝合金焊丝生产工艺技术秘密和经营信息销售渠道私自提供给鄂州市××电线厂，该厂生产的产品同塑料电线厂为同一产品，在不正当竞争中，使塑料电线厂遭受重大经济损失。塑料电线厂向鄂州市工商局投诉，鄂州市工商局作出处罚决定，责令张××及××电线厂停止违法行为，同时分别处以１.５万元和１万元的罚款。
第三，向人民法院起诉。
根据《刑法》、《民法通则》、《技术合同法》、《反不正当竞争法》等法律规定，企业的商业秘密被侵犯，可以直接向人民法院起诉。向人民法院起诉的，要弄清人民法院的管辖范围，一般讲应向被告所住地人民法院或侵权行为地人民法院起诉。订立合同的，应向被告所住地或合同履行地人民法院起诉。
中船总公司７１８所，利用１０多年时间研制出系列水电解制氢装置，有显著经济效益。１９９２年——１９９３年，从事该项目技术研究的高级工程师许××等１８位技术骨干，集体跳槽，利用自己掌握的技术与其他单位合作，生产销售同一产品，与７１８所进行不正当竞争，使７１８所遭受重大经济损失。７１８所向邯郸市中级人民法院起诉，１９９６年１０月，邯郸市中级人民法院起诉，１９９６年１０月，邯郸市中级人民法院判决：６个被告单位和个人，立即停止使用该技术生产和销售产品，承担受理费１０万元，赔偿原告经济损失１１１２万元，并负有保守技术秘密不泄露的责任。
第四，协商解决。商业秘密纠纷属民事纠纷，企业单位的商业秘密受到侵害时，被侵害人可以与侵害人进行协商，要求其停止侵害并做适当赔偿，以维护自身的正当权益。
企业如何开展确认商业秘密工作
企业确认商业秘密的工作，一般可分为三个阶段：
第一，准备阶段
（１）建立定密领导小组，组成工作班子（可由保密委员会委员、保密干部和专为干部组成）；
（２）制定工作计划；
（３）召开有关部门负责人会议，学习有关保密法规，作动员；
（４）拟定“保密范围”（由部门专业人员提出初步意见，经工作班子综合分析，经过一、二次反复，由领导小组会议正式确定）；
（５）培训骨干，使之掌握具体操作规程。
第二，定密阶段
（１）由各业务部门根据各自业务特点，对照“保密范围”提出具体商业秘密事项：
（２）填写登记草表，由部门领导签字送定密领导小组工作班子提意见；
（３）业务部门根据工作班子提出的意见作相应调整，填写正式登记表报定密领导小组核准；
（４）定密领导小组受权人签字，成为本企业正式的商业秘密事项；
（５）为商业秘密事项作标识；
（６）告知有关部门和人员。
第三，确定要害部门（部位）建立健全制度阶段
（１）将集中处理使用商业秘密的部门（部位）列为要害部门，采取适当的防范措施，作出明显标志。
（２）根据商业秘密事项产生、制作、储存、传递、使用的流程环节，对各类设备和不同环境的要求制定相应的保密制度（有的制度可由职代会讨论通过）；
（３）与涉密人员签订合同和保密协议。
集中确认商业秘密工作完成之后，应转入日常的工作，对商业秘密实行动态管理。
企业如何同接触商业秘密的职工签定保密协议
企业同职工签定保密协议，有两种方法：
第一，企业直接同接触商业秘密的职工签定《保守商业秘密协议书》。在签定协议书时要注意几点：
（１）双方当事人的资格要合法；
（２）协议书的内容不得违反国家法律、法规、规章；
（３）甲、乙双方地位要平等，要自愿为原则，双方表达意思要真实，权利和义务要对等；
（４）主要条款内容要清楚；
（５）要有违约责任。
第二，企业有同职工签定“聘任合同”或“劳动合同”中写明保密条款和违约责任。
例如，厦门粉末冶金制品厂与技术员陈某某签定聘任合同，合同约定厂方出资派陈某某到国外参加培训，学习产品模具设计和有关工艺技术，陈某某受聘期间不得利用职权或工作之便以权谋私，侵犯企业技术权益力经济利益。后陈某某违约，用自已掌握的商业秘密技术投资另一个工厂，构成了侵权，法院判决陈某某和另一个工厂停止侵权，赔偿厦门粉末冶金制口若悬河厂的经济损失。
在《劳动合同》中订立保密条款主要内容有：
（１）职工在受聘期间，不能向外泄露商业秘密，不能允许第三方使用商业秘密；
（２）职工在受聘期间，不得私自跳槽到另一企业；
（３）合同期满的应承担保密义务并保证三年内不使用本商业秘密；
（４）写明违约责任。
侵犯商业秘密行为应负哪些法律责任
由于侵犯商业秘密的行为，是侵犯了商业秘密权利人的合法权益，破坏了社会主义经济秩序，侵犯了知识产权，根据我国《刑法》、《民法通则》和《反不正当竞争法》等法律规定，侵仅人应当承担以下法律责任：
第一，侵仅人应停止侵害、消除影响、赔礼道歉；
第二，给权利人造成损害的，应当承担损害赔偿责任；
第三，侵权人应承担被侵害的经营者因调查该经营者侵害其合法权益的不正当竞争行为所支付的合理费用；
第四，监督检查部门，可根据情节处以侵权人一万元以上二十万元以下的罚款。
